Tutte le specie di archaea e batteri hanno un gene 16S che codifica per la subunità minore dei ribosomi. Il 16S ha regioni altamente variabili (V1-V9) che vengono utilizzate come gold standard per le classificazioni tassonomiche.

Grazie all’introduzione del sequenziamento di nuova generazione (NGS), il metodo dell’rRNA 16S è ampiamente utilizzato, oltre che per l’identificazione batterica, anche per la deconvoluzione delle comunità microbiche complesse.

Il nostro partner Nimagen ha sviluppato una serie di kit per il sequenziamento del 16S, basati sulla rivoluzionaria tecnologia brevettata della Reverse Complement PCR (RC-PCR), che promuove specificità, sensibilità e uniformità di copertura a partire da un basso input di DNA. I kit consentono di effettuare simultaneamente, in un unico tubino di reazione, indexing e amplificazione dei target.

1. Il kit EasySeq™ 16S Microbiome Library Prep consente la caratterizzazione del microbioma attraverso l’analisi delle regioni ipervariabili V3-V4 del gene 16S. Le regioni V3-V4 contengono la massima eterogeneità nucleotidica e mostrano il massimo potere discriminatorio necessario per campioni complessi, per valutare la diversità batterica e rilevare l’abbondanza di microbi in diverse tipologie di campioni.

2. L’EasySeq™ 16S Bacterial Identification Library Prep Kit è utilizzato per identificare le specie batteriche attraverso l’analisi delle regioni ipervariabili V1- V6 e V9. Può essere utilizzato per decifrare campioni polimicrobici laddove il tradizionale sequenziamento Sanger fallisse l’identificazione.

3. L’EasySeq™ Full-length 16S Library Prep Kit ™, compatibile con piattaforma ONT, consente l’identificazione di specie batteriche e la simultanea deconvoluzione del microbioma in campioni microbici complessi. Il kit è progettato per sequenziare l’intero gene rRNA 16S, utilizzando un singolo amplicone per tutte le regioni, in sole 8 ore.

I kit sono compatibili con piattaforma Illumina® (EasySeq™ 16S Microbiome Library Prep e EasySeq™ 16S Bacterial Identification Library Prep Kit) e piattaforma ONT – Oxford Nanopore Technology (EasySeq™ Full-length 16S Library Prep Kit ™) e devono essere ordinati in combinazione con la index plate associata.

Tecnologia Reverse Complement PCR (RC PCR)